어렸을 적 가난하게 자란 마쓰모토는 기계공학자가 되고 싶었지만, 돈을 벌어야 해 만화를 그리기 시작했다. 마쓰모토는 2017년 방한 기자회견에서 ‘은하철도 999’라는 기차를 소재로 한 작품을 구상하게 된 것은 도쿄로 상경하던 중 탔던 기차 여행의 강렬한 경험에서 비롯됐다고 밝힌 바 있다.
마쓰모토는 “도쿄에서 일하고 싶었지만, 기차표를 살 돈조차 없었는데 도쿄의 편집자가 기차표를 보내줬다”며 “기차를 타고 도쿄에 가는데 터널을 빠져나가며 마치 우주 세계에 온 것 같은 느낌을 받았다. 그때 우주로 날아가고 싶다고 생각한 것이 은하철도 999를 구상한 계기가 됐다”고 말했다.
그는 또 ‘천년여왕’과 ‘우주해적캡틴 하록’, ‘우주전함 야마토’ 등 다양한 인기 작품도 그렸다. 이 작품들로 그는 SF 만화가로 지위를 확고히 하면서 1970∼1980년대 한국과 일본에서 애니메이션 붐을 이끌었다.